Tanggal 2 Juni 1923 Bruder OO (Onbevlekten Ontvangenis) yang terdiri dari Br. Bertinus, Clementinus, Nazarius, dan Victorius tiba di Tanjung Priok.
Tanggal 1 Juli 1923 sesudah libur besar, didirikan Mulo Kanisius yang terletak di Kidulloji dimulai dengan 25 murid. Mulo Kanisius didirikan oleh beberapa Bruder OO (Onbevlekten Ontvangenis) yang terdiri dari Br. Bertinus, Clementinus, Nazarius, dan Victorius. Didirikannya Mulo Kanisius bertujuan agar anak-anak tamatan HIS melanjutkan ke Mulo Kanisius yang sebelumnya terpaksa melanjutkan ke Mulo Pemerintah, Mulo Protestan, atau Mulo Netral. Mulo Kanisius mengutamakan anak-anak Jawa diterima terlebih dahulu dan anak-anak Belanda atau Tionghoa hanya diterima kalau masih ada tempat.
1925
Juli 1925 Mulo Kanisius di Kidulloji mencari ruang ditempat lain di Gondomanan, hanya 5 menit dari Bruderan Kidulloji.
1928
Januari 1928 Mulo Kanisius di Kidulloji menempati gedung sendiri. Tanggal 2 Februari 1928 diadakan pemberkatan liturgis dan pembukaan resmi. Upacara pembukaan dihadiri Paduka Yang Mulia Sri Sulatan Abdurahman Hamengkubuwana VIII.
Bangunan Mulo memiliki 8 ruang kelas dengan ukuran 8x8 dilengkapi dengan ruang Fisika, ruang kerja, dan klinik yang dilengkapi dengan obat luka dan tetes.
1936
Mulo Kanisius di Kidulloji dilengkapi dengan asrama
1940
Mulo Kanisius di Kidulloji berada di bawah pimpinan Bruder Ov. Theodoricus.
1942
Mulo berubah nama menjadi SMP sesuai dengan kebijakan Pemerintah Jepang yang menduduki Hindia-Belanda menggantikan Pemerintah Belanda.
Periode 1954 - Sekarang
1954
Tahun 1954 Mulo Kanisius di Kidulloji yang ditanggung oleh Kongregasi FIC menjadi bagian dari Yayasan Pangudi Luhur.
1983
Gedung baru SMP Pangudi Luhur 1 Yogyakarta mulai di bangun di Jalan Timoho II/29 Kelurahan Muja Muju, kecamatan Umbul Harjo Yogyakarta. Pada tanggal 6 Agustus 1983 gedung baru SMP Pangudi luhur 1 Yogyakarta diresmikan.
- Kepala Sekolah Intern: Br. Lusius Supadji FIC
- Kepala Sekolah Ekstern: FX. Kasim Danusaputra
Indikator/penjelasan:
Menjadi tempat yang memberikan fasilitas atau sarana prasarana yang dapat mendukung proses berkembangnya kepribadian, kerohanian, dan spiritual.
Menjadi pusat pendampingan baik dalam hal fisik, kognitif, sosial, emosional, dan spiritual oleh SDM yang berkompeten.